Na Slovensko prišli prví kapucíni v r. l674 do Pezinku. V roku l676 prišli do Bratislavy a o nejakých osemdesiat rokov neskôr do Holíča, kde boli potom Jozefom II. zlikvidovaní. Do Pezinku prišlo na pozvanie ostrihomského arcibiskupa a na žiadosť nitrianskeho biskupa asi l2 kapucínov. Prišli sem ako protireformačná misia. V tom čase bolo v Pezinku iba 6 katolíckych rodín a fara bola prenesená do Grinavy. kapucíni prišli do gotického farského kostola, ktorý stojí blízko terajšieho kláštora. Až o niekoľko rokov neskôr, v r. l7l9 – l720, si kapucíni vybudovali kostol a kláštor v podobe, akú má dnes. Pôvodný kláštor, ešte predtým ako bývali kapucíni na fare, stál na konci terajšej veľkej kláštornej záhrady. Bol vybudovaný ako veľký obdĺžnikový dom, aký sa vtedy používal na sklad či sýpku. V r. l950, keď likvidovali bratov Kapucínov a ostatné rehole, tam ešte stál. To bol pôvodný kláštor, celkom na spôsob kamaldulských kláštorov. Dole boli izby, kde sa pracovalo, hore na poschodí spávali. V celom dome sa nekúrilo, život tam musel byť veľmi prísny.Po dvoch rokoch prišli kapucíni aj do Bratislavy. Pôsobili v kaplnke sv. Kataríny na Michalskej ulici. Je to malá gotická jednoduchá kaplnka, ktorá stojí dodnes.

Skoro v tom istom čase prišli do Pezinku aj Jezuiti, ktorí si tu založili gymnázium. Kapucíni sa venovali zasa kázaniu, misiám, spovedali a spravovali faru. V priebehu 100 rokov Pezinok už bol pekne rekatolizovaný. Po čase sa do farnosti vrátil i farár. V kláštore už bolo najmenej 20 pátrov Kapucínov. Určitý čas tam bola prednášaná aj filozófia a teológia. Pôsobil tu i Viktor Sasinek, ktorého spisy sa zachovali dodnes. Dňa 12. septembra 1683 sa pred Viedňou rozhodlo nie len o osude Uhorska, ale aj celej strednej Európy. Pápež na cisárovu žiadosť vyhlásil tento pamätný deň, keď sa spojeným armádam podarilo zvíťaziť nad tureckou presilou, za sviatok a zasvätiť ho menu Panny Márie, Ochrankyne Uhorska. Správa o víťazstve sa rozšírila na všetky strany. Oči Európy sa upreli na Viedeň, ktorej heroizmus, patetizovaný do barokového meradla, vyvolal hlboký obdiv v celom západnom svete. Viedeň bola akoby zbožštená. Všetko čo pochádzalo z Viedne, začalo mať punc dokonalosti.

Táto veľká premena vtisla Viedni i jej dvoru celkom nový zmysel a príťažlivosť. A bola príčinou, že aj uhorská šľachta zaznamenala zmenu. Miesto starých magnátskych rodín, ktoré v tomto čase vymierajú, nastupovala v tomto storočí nižšia šľachta, ako rodiny Palffy, Apponyi, Illézházy, Esterházy, Erdody a Csáky, ktoré za svoje povýšenie vďačili predovšetkým viedenskej dynastii. Z tejto väčšinou protestantskej šľachty sa vytvorila loyálna dvorná strana. Bol to prenikavý úspech protireformácie, pôsobením ktorej väčšina týchto evanjelických rodov v 17. stor. konvertovala na katolicizmus.

Stopy nedôvery a zdržanlivosti medzi dvorom a uhorskými šľachticmi sa podarilo odstrániť až obratnej politike Márie Terézie, ktorá častými rádmi, vyznamenaniami aj hodnosťami vedela uhorskú šľachtu zlákať do podmanivého ovzdušia Viedenského dvora a z novej generácie vychovať dokonalých barokových gavalierov. Mecenáši cirkevného umenia už teda nie sú v 18. stor len cirkevní hodnostári, ale aj šľachta, ktorá štedrými darmi kláštorom a kostolom napodobňuje príklad viedenskej veľkolepej dvornej kultúry cisársej Viedne, a tak dokazuje svoje náboženské cítenie. Bratislava i potom ostáva hlavným mestom Uhorska. To spôsobilo, že to bola predovšetkým ona, z Uhorských miest najbližšia ríšskemu hlavnému mestu, ktorá ťažila najintenzívnejšie z Viedenskej kultúry. Pravda, jej meradlo bolo menšie a jednoduchšie. Pretože nebola sídelným mestom, iba mestom administratívnych úradov.

Nové španielske rehole, ktoré zaplavili Viedeň a vtlačili jej úplne katolícky ráz, dostali sa do Bratislavy v druhej polovici 17. stor., aby dokončili to, čo sa arcibiskupom a jezuitom ešte celkom nepodarilo. Tak sa tu roku 1672 usadili Milosrdní bratia, ktorých meno vyjadruje ich charitatívne poslanie, a čoskoro po nich roku 1676, tu začali misionársku a kazateľskú činnosť Kapucíni, teda rády, ktoré pôsobili vo Viedni už dávno predtým. Súčasne však prichádzali s nimi do Bratislavy aj tie rehole, ktoré prišli do Viedne len nedávno, od vtedy ako starostlivosť o španielske dedičstvo a túžba po vytvorení svetovej ríše prinútila dvor k novému záujmu o španielských poddaných. Sú to jednak Uršulínky, ktoré prišli do Bratislavy roku 1672, aby sa ujali katolíckej výchovy dievčat, a bieli Španieli alebo Trinitári. Po dĺhšej prestávke, roku 1739 prišli sem aj Alžbetínky, známe svojou samaritánskou činnosťou medzi chudobnými vrstvami mestského obyvateľstva, a roku 1747 sama cisárovná sem uviedla francúzsky školský rád kanonistiek de Notre Dame, čím sa chcela postarať o jemnejšiu výchovu mladých šľachtičiek, dcér uhorských magnátskych poľnohospodárov a bojovníkov.

Ako sme už spomenuli, Uršulínky zdedili roku 1672 kostol, ktorý odobrali evanjelikov pri hradnom múre. Zásluhou grófky Františky Nádasdy, ktorá vstúpila do rádu a priniesla mu značné veno, postavili si mníšky vedľa kostola roku 1677 nový kláštor. Stavba, ktorej základný kameň povätil sám Viedenský biskup Kollonich, bola dokončená roku 1687 a hneď nato sa do nej reholnice nasťahovali. Ostatné rády obsadili veľké pozemky v zeleni pred mestskými záhradami, kde súčasne svojími kostolmi nahradili staré farské kostoly. Na trhovisku medzi Laurinskou a Michalskou bránou si postavili kláštor milosrdní bratia. Stavba, ktorú podporoval barón Ján Maholányi, bola začatá roku 1692, ale dokončená až po 36 rokoch. Blízko nich na Uhoľnom trhu (dnes Župnom námestí) pri Michalskej bráne sa usadili kapucíni a trinitári. Prví obsadili miesto pri Prepoštskej záhrade a tam postavili v rokoch 1708 až 1711 kláštor. Kostol im tu vysvätil roku 1717 nitriansky biskup Erdödy. Tieto stavebné práce im umožnil predovšetkým knieža Imrich Esterházy, ostrihomský primas, ktorý sa zaslúžil aj o stavbu kláštora trinitárov a alžbetiniek.

Trinitári si postavili kostol s kláštorom neďaleko Kapucínov na starom svätomichalskom cintoríne. Základný kameň kostola posvätil roku 1717 biskup Erdödy. Kostol bol postavený priamo na zvyškoch starého farského kostola sv. Michala. Roku 1727 bol dokončený nielen nový kostol, ale aj susedný kláštor, ktorý začali stavať iba roku 1721. Je to miesto bývalej budovy SNR. V 19. stor. dala Bratislavská župa poškodenú budovu kláštora zbúrať a roku 1844 sa stavia na jej mieste župný dom. Vypracovaním projektov bol poverený Ignác Feigler st., ktorý stavbu aj podľa svojich návrhov uskutočnil.

Na takúto veľkolepú cisársku Viedeň boli napojený (azda len vďaka jej obsahovej neúprimnosti a teatrálnosti všetkých jej životných prejavoch) celý rakúsky vidiek, južná Morava, Praha a západné Uhorsko.
Rehole, ktoré zaplavili Viedeň, sa teda pod týmto silným vplyvom začali usidľovať aj v Bratislave.
Kapucíni sem prišli v roku 1676. Priviedol ich panovník Leopold I. Dvorská komora, teda v dnešnom ponímaní ministerstvo hospodárstva a financií Habsburskej monarchie, kúpila na zabezpečenie ich provizórneho pobytu v Bratislave dom na Michalskej ulici, ktorý stál vedľa kaplnky sv. Kataríny. Dvadsiateho piateho novembra 1676, na deň sv. Kataríny, dal Nitriansky biskup Tomáš Pálffy túto kaplnku slávnostne do opatery bratov Kapucínov. Stala sa tak ich prvým kostolom v Bratislave. Tu pôsobili 35 rokov. Medzičasom, keďže nimi obývaný dom na Michalskej ulici sa stal pre stále sa zväčšujúcu komunitu príliš malým, zakúpili aj dom na druhej strane kaplnky.

Slovenská provincia

Kapucíni na Slovensku patrili pod Viedenskú provinciu až do konca 1. svetovej vojny. Po 1. svetovej vojne prišlo k rôznemu triedeniu. Keď po porážke Rakúsko – Uhorska poodchádzali bratia do Maďarska, na Slovensko prišlo pomáhať niekoľko bratov-kňazov z Holandska. Založili serafínsku školu a začali organizovať študentov. Tento stav trval až do roku 1934, kedy boli kapucíni na Slovensku pričlenení k Českej provincii.

Neskôr, za Slovenskej republiky bolo štátom nariadené, aby sa každá provincia osamostatnila. Vizitátor z Ríma, viedenský provinciál, nariadil osamostatnenie a zriadenie noviciátu a teologickej školy pre kapucínov na Slovensku. Zároveň povolal slovenských pátrov, ktorí ešte pôsobili v cudzine a takto začal existovať slovenský komisariát, ktorý bol zriadený ako prvá samostatná cirkevná jednotka. Po prvej svetovej vojne sa česká provincia usilovala o znovupričlenenie kláštorov slovenskej provincie pod jej správu. Ale nakoniec sa to nepodarilo.

Ďalší vizitátor – Belgičan páter Róbert Bentain – zariadil, že kapucíni na Slovensku zostali naďalej ako samostatný slovenský komisariát, ktorého predstaveným bol menovaný on sám. Slovenský komisariát existoval až do roku 1950, kedy sa pátrovi Róbertovi počas likvidácie kláštorov podarilo posledným lietadlom letiacim do Belgicka utiecť. Za svojho nástupcu ustanovil pátra Vojtecha Rajnera. Ten však riadil komisariát už len krátky čas. Po násilnej a úplnej likvidácii kláštorov komunistickou štátnou mocou už len v utajení…

Štyridsaťročné prenasledovanie

Štyridsaťročné prenasledovanie rehoľníkov na Slovensku začalo pre kapucínov 3. mája 1950. Bratia sa modlili matutínum (sviatok sv. Moniky) o 0.10 hod. v chóruse v Bratislave. Zrazu sa nahrnuli do kostola asi päťdesiati muži v uniformách žandárov i v civile. Chvíľu sa pozerali ako sa modlia a naraz silný muž v civile zakričal: „Dosť! Z nariadenia vlády ste odtiaľto premiestnení.“ V chóruse bolo asi 12 až 15 bratov, v celom dome 30. Ku každému sa pridali dvaja z tých, čo prepadli kláštor a viedli každého do svojej cely. V priebehu dvadsiatich minút si mohli bratia zbaliť do kufríka najnutnejšie veci, zhromaždiť v refektári a nakoniec ich odviedli na dvor do troch autobusov, ktoré tam stáli pripravené. Všade bola tma, ticho, námestie bolo prázdne.

V kláštore nechali len predstaveného a troch bratov. V Pezinku ostali traja kapucíni (Sahulčík, Horváth a Klúčnik). Ostali tam ešte skoro dva roky, potom však aj ich odviedli do tábora v Králikoch (Čechy). Boli deportovaní v marci 1952. Ostatných rozdelili tak, že do dvoch autobusov vzali klerikov a odviezli ich rovno na stavbu priehrady v Púchove (Nosice). Ostatných bratov odviezli do koncentračného tábora vo Sv. Beňadiku. Tam už boli sústredení Františkáni, Verbisti, Piaristi a Lazaristi. Kapucínov umiestnili medzi Františkánov. Každý mal na zemi dva štvorcové metre. Všetci boli natlačení jeden vedľa druhého a bratia si mohli pod hlavu dať len kufrík. Ráno všetkých vyviedli do veľkej záhrady, kde bola zima.

Debatovalo sa, čo bude ďalej. Dali im monterky a chodilo sa pracovať. Tam sa dalo aspoň najesť a bratia Františkáni zohnali aj nejakú salámu. Po štvrtej hodine po obede bolo voľno, všetci sa mohli modliť a zúčastniť sa sv. omše. Kontakt s Bratislavou sa však nepodarilo nadviazať. Potom začalo rozdeľovanie. Niekoľkých bratov transportovali do Malaciek. Malo to byť „preškolenie“, ktoré končilo na fare. Bolo však neúspešné. A tak asi o dva mesiace ich naložili do autobusu a zaviezli do tzv. kárneho tábora v Podolinci. Bolo to 8. septembra 1950. Život v tábore bol ťažký hlavne tým, že spojenie s vonkajškom bolo úplne nemožné.

Vtedy tam bolo asi 100 žandárov a príslušníkov ŠTB a asi 600 rehoľníkov – Jezuiti, Saleziáni, Františkáni, Verbisti, Redemptoristi, Dominikáni, Kapucíni. Život v kláštore – tábore v Podolinci sprevádzali mnohé ťažkosti, strava bola veľmi biedna. Až na druhý rok sa trochu zlepšila, keď dovolili prijímať balíky a návštevy. Tým sa zlepšila aj izolácia väzňov. Pracovalo sa málo a o budúcnosti kolovali rôzne fámy, ako deportácia do Ruska, alebo práca v baniach. Bolo to však len psychologické pôsobenie, ktoré malo navodiť atmosféru strachu, čomu z času na čas napomohli aj žandári, keď niekoho zbili. Po prepustení z tábora v Podolinci v novembri 1951 niektorých bratov povolali do PTP Mimoň. Bol to niekdajší nemecký vojenský tábor – Walhala – pre frontových vojakov, ktorých tu posielali prežiť „pekné“ chvíle s nemeckými dievčatami.

Novicov z kláštora vyhnali a klerici museli ísť pracovať na stavby priehrad. Nasledovala služba v PTP. Bratia slúžili na rozličných miestach Čiech a Slovenska až do konca roku 1953. Tých, čo zostali v Bratislavskom kláštore do roku 1952 odviezli do pracovného tábora Králiky. V roku 1961 prebehol s bratmi osobitný súd. Boli odsúdení na 1 až 14 rokov. Posledný kňaz odchádzal z väzenia v máji 1968: bol to páter Vojtech, ktorý si odsedel 8 rokov. No ovocie utrpenia nedalo na seba dlho čakať. Niektorí bratia – kňazi začali slúžiť v diecézach, vo farnostiach. Iní museli ostať v podzemí, pretože zakrátko nastal čas ďalších 21 rokov perzekúcií, až do roku 1989. Napriek hrozbe väzenia pribudli ďalší noví bratia, ktorí boli tajne vysvätení.

Okrem tradičného pôsobenia na farách a v kostoloch súbežne vznikali malé skupinky, spoločenstvá mladých, chodilo sa na púte, stretávalo sa na bytoch a na chatách, chodilo sa do prírody. Duchovné cvičenia boli často spojené s výletmi do krásnych slovenských hôr či s lyžovačkou. Nebol to len krycí manéver pred komunistickou štátnou bezpečnosťou, bolo to čosi prirodzené, spontánne. Bola v tom veľká súdržnosť s jednoduchým ľudom, nikto vtedy nerozlišoval kňaza, terciára, laika: robotník – kňaz pracoval spolu s robotníkom – neveriacim, rehoľník i otec rodiny jedli pri jednom stole. Kapucín pôsobil ako farár, robotník.

Vidieť tu teda dva výrazné aspekty: na jednej strane chátrajúce kláštory a bratia rozptýlení, trpiaci – často i vo väzení, na druhej strane nové povolania, nový duch priťahovaný práve tou skrytou bolesťou a obetou…
Mimo kláštora počas týchto ťažkých rokov zomreli títo bratia: Jozef Polák – kňaz (1952), Adrián Mózer – kňaz (1952), Krizostom Kľúčnik – kňaz (1956), Lukáš Kraus – klerik (1960), Gordon Gajdoš – brat (1960), Sabín Reha – brat (1960), Michal Hacker – brat (1964), Remíg Kokeš – brat (1966), Hilár Párik – kňaz (1977), Hyacint Košťál – brat (1981), Fidél Supek – kňaz (1984), Cyril Kozár – kňaz (1987), Michal Pätoprstý – kňaz (1988).

V bratislavskom kapucínskom kostole bola 8. januára 1990 po „nežnej revolúcii“ v novembri 1989 menšia slávnosť. Provinciál rehole Šebastián Jaďuď predstavil pri sv. omši mladých kňazov a bratov kapucínov, ktorí sa sem dostali po dlhých rokoch skrývania a čakania. V kázni poznamenal: „Dnes tu slúžia sv. omšu tí, o ktorých ani rodičia dlho nemohli vedieť, čím sú.“ Okrem toho výrazne spomenul, že mu pred tromi rokmi Sv. Otec osobne povedal: „Len robte tak ďalej, robte, čo môžete a dôverujte, že ostatné doplní Pán Boh.“