V pondelok, 23. septembra 1968 si Páter Pio zavolal k sebe o polnoci Otca Pellegrina s prosbou, aby pri ňom zostal a neskôr naliehal, že sa chce vyspovedať. Okolo 01,30 nadránom požiadal Otca Pellegrina, aby mu pomohol vstať z postele. Prezliekol sa z pyžamy do františkánskeho habitu a prešiel do presklenej verandy, susediacou s izbou. Páter Pellegriny nevychádzal z údivu, Otec Pio kráčal chôdzou mladíka! On sa už cítil iba ako jeho doprovod.
Páter Pio si vypínačom zažal svetlo a sadol si. Po piatich minútach chcel znovu vstať a vrátiť sa do izby, ale teraz to už sám nezvládol. Otec Pellegrini ho musel preniesť do kresla na kolieskach a zaviesť do izby, kde ho usadil do kresla.
Dýchanie mal čoraz namáhavejšie, na čelo mu vystúpili kvapky potu a pery mu celkom zmodrali. Neustále však opakoval: Gesú, Mária, aj keď hlas mu slabol. Vtedy si Páter Pellegrini naplno uvedomil, že jeho duchovný vodca je vo veľmi vážnom stave. Utekal do izby brata Billa Martina.
Bill sa okamžite ponáhľal za Pátrom Piom a Otec Pellegrini medzitým zavolal doktora Salu, ktorý prišiel do desiatich minút.
Pátra Pia uložili do postele a lekár mu skontroloval životne dôležité orgány a dal mu injekciu proti ťažkostiam s astmou. Potom ho znovu zdvihli a usadili do kresla. Prišli za ním ešte dvaja lekári a spolu s kapucínskymi kňazmi a bratmi mu robili spoločnosť. Páter Paolo udelil Otcovi Piovi sviatosť pomazania chorých, lekár mu následne nasadil kyslík a kapucíni odriekali modlitby za zomierajúceho.
Páter Pio to všetko vnímal, bol pri vedomí a jeho stav bol pokojný, tvár však už mal voskovo-žltú, ruky a nohy studené, takisto aj čelo. Pulz mu zoslabol. Páter Pio obrátil hlavu mierne doľava a zavrel oči, pričom na hlas nereagoval. Po chvíľke opäť otvoril oči, zamysleným pohľadom pozrel na lekára a viečka znovu privrel. Stále dýchal, no z jeho hrdla sa ozýval smrteľný chrapot.
Bolo 2:09 miestneho času keď sa dych Pátra Pia zastavil. Lekár mu rýchlo robil masáž srdca a jeho dych sa s pomocou respirátora znovu vrátil. Jeho oči však na žiadnu reflexiu nereagovali. Klinické príznaky smrti sa u Pátra Pia prejavili o 02,30 hodine.
Jeho telo umyli a obliekli do kapucínskeho habitu.
Životopis sv. Pia z Pietrelciny
